En mars 1874, Freud écrit à Emil Fluss la lettre suivante :
« Vous devez vous dire que si je garde aussi étrangement la chambre mon mal ne doit pas être extrême, et vous aurez raison. Ce fut l’ultime et faible irruption d’un cratère qui fut naguère redoutable, la dernière secousse d’une région de mon corps depuis longtemps en rébellion ouverte contre l’ordre et le calme qui règnent dans mon organisme, j’ai nommé, ma mâchoire. »
À 18 ans, Freud souffrait déjà de la mâchoire. Ce qui fut le pire handicap des dernières années de sa vie était déjà présent dans sa jeunesse. À en croire Max Schur, médecin personnel de Freud de 1928 jusqu’à sa mort, en 1939, sur l’insistance de Marie Bonaparte qu’il soigna pendant plusieurs semaines lorsqu’elle tomba gravement malade, Freud ne fut pas épargné par la maladie tout au long de sa vie.
Dans sa correspondance avec Fliess, Freud a souvent évoqué de nombreux symptômes physiques : maux de tête (crises de migraine, disait-il lui-même), affections nasales, symptômes gastro-intestinaux, mais surtout cardiaques.
« Ce qui semble peut-être moins compréhensible, c’est, à d’autres points de vue, écrit-il dans une lettre à Fliess du 19 avril 1894, l’état de ma santé. Les jours qui suivirent le renoncement [au tabac] furent assez supportables et je commençai, à ton attention, la question de la névrose. C’est alors que se produisirent soudain de grands troubles cardiaques, pires que ceux que j’avais avant la suppression des cigares : violente arythmie, tension cardiaque perpétuelle, oppression, sensation de brûlure dans la région du cœur, sensation douloureuse dans le bras gauche, un peu de dyspnée […] Tout cela par accès, c’est-à-dire survenant deux ou trois fois par jour, se prolongeant et s’accompagnant d’une dépression psychique qui se manifeste par des idées de mort et d’adieux et vient remplacer ma normale hyperactivité…