Après l’autopsie, on lava le corps de Napoléon qui fut revêtu, par Marchand et Ali, de son uniforme de colonel des chasseurs à cheval de la Garde impériale. On le déposa dans sa chambre, exposé sur son lit, coiffé de son chapeau et l’épée au côté, un crucifix sur la poitrine. La population et les soldats britanniques défilèrent devant le corps. Son masque mortuaire fut pris, dans des conditions et avec un résultat qui entretiennent encore des polémiques infinies. On procéda ensuite à la mise en bière dans quatre cercueils emboîtés, fabriqués par un entrepreneur local, Andrew Darling. Pour les obsèques, conformément aux instructions de son gouvernement, Hudson Lowe avait prévu le cérémonial des officiers généraux anglais.
Le 9 mai 1821, à dix heures, l’office des morts fut célébré à Longwood. Puis le cercueil fut posé sur un châssis de berline transformé en corbillard. Tandis que les soldats de la garnison rendaient les honneurs le long du parcours, le cortège descendit jusqu’au val du Géranium. L’abbé Vignali précédait le char funèbre. Marchand, Bertrand, son fils aîné Napoléon et Montholon tenaient les cordons du poêle. « Cette pompe, la plus fastueuse qu’on pût déployer sur l’îlot transatlantique, était pauvre pour Napoléon. Du moins n’était-elle pas dérisoire. Il s’en allait vers son repos dans un bruit militaire et un universel respect », écrivit l’historien de Sainte-Hélène Octave Aubry. Au son des roulements de tambour, des coups de canon tirés par les navires anglais stationnés dans la rade de Jamestown, mais sans éloge funèbre ni discours, Napoléon fut conduit à ce qu’on croyait être alors sa dernière demeure…