En 1999, Bernard Thibault était désigné à la tête de la CGT. Né en 1959, entré à la SNCF après un CAP de mécanique, syndiqué à dix-huit ans et très vite permanent syndical, ce dernier a tiré les leçons du déclin de la CGT dans les années 1980. La grève des cheminots de 1986 révèle ses talents d’organisateur et de fédérateur, tout en consolidant son leadership. Cela le catapulte à la direction de la fédération CGT des cheminots. Puis le mouvement social de l’automne 1995 le révèle au-delà du milieu cheminot. Bernard Thibault apparaît dès lors comme un symbole du renouveau de la CGT. Tout en étant populaire et médiatique, il ne lui faut pas moins se conformer aux mécanismes de sélection des « cadres » de la CGT, encore en vigueur à l’époque, contrôlés par le Parti communiste. Ainsi, en 1996, il intègre en urgence le comité national (ex-comité central) du PCF. C’est le sésame indispensable pour accéder, en 1997, au bureau confédéral – le « gouvernement » – de la CGT, puis en devenir le secrétaire général – soit le numéro 1 – lors du 46e congrès.
Les délégués de ce même congrès se prononcent pour l’adhésion de la CGT à la Confédération européenne des syndicats (CES), ralliant tardivement l’Union européenne (rejetée, à l’époque de la guerre froide, car perçue comme contraire aux intérêts du « camp socialiste »). Sans renoncer aux « luttes », le congrès légitime aussi le syndicalisme de propositions et la négociation (en fait, contrairement aux idées reçues, la CGT a toujours pratiqué cette dernière, mai…